La Comisión de Mejora Regulatoria es un órgano desconcentrado de la Secretaría de la Contraloría del Poder Ejecutivo del Estado de Querétaro, está presidida por un Comisionado con nivel jerárquico de subsecretario de conformidad con los artículos 16 y 18 de la Ley de Mejora Regulatoria del Estado de Querétaro.

Acorde al Reglamento Interior de la Comisión Estatal, en su artículo 4, se establece que se conformará de las siguientes unidades administrativas: